AlphaFold3, развиен од Google DeepMind, е објавен за некомерцијална употреба, дозволувајќи на научниците да го преземаат и користат софтверскиот код. Објавено на 11 ноември, оваа објава следи по некои контроверзии кога DeepMind првично го задржа кодот. AlphaFold3 претставува значајна надградба бидејќи може да моделира протеини заедно со други молекули, за разлика од своите претходници. На почетокот, алатката беше достапна само преку веб сервер, ограничувајќи ја способноста на научниците да го предвидат однесувањето на протеините во присуство на потенцијални лекови. По критиките во врска со репродукција, DeepMind сега објави верзија со отворен код, иако само академици можат да пристапат до тренинг тежини на барање. Неколку други компании развија алатки со отворен код инспирирани од спецификациите на AlphaFold3, вклучувајќи Baidu, ByteDance и Chai Discovery, иако овие не се лиценцирани за комерцијална употреба. Сепак, Chai-1, моделот на Chai Discovery, може да се пристапи преку веб сервер за откривање на лекови.

Ligo Biosciences од Сан Франциско нуди помалку ограничена верзија на алатката, но без целосни капацитети. Напори се прават од различни тимови за развиток на целосно отворени верзии, како што е очекуваниот OpenFold3, што би овозможило на фармацевтските компании да го рекреираат моделот користејќи сопствени податоци за подобрена изведба. Дебатата за отвореноста во полето продолжува, со некои експерти, како што е Mohammed AlQuraishi од Универзитетот Колумбија, кои се застапуваат за целосно отворени модели. Anthony Gitter од Универзитетот Висконсин-Медисон го потенцира значењето на транспарентноста при споделувањето на AI модели. И покрај предизвиците, објавата на AlphaFold3 со отворен код се очекува да поттикне иновации слични на оние со AlphaFold2, кои доведоа до значајни напредоци, како што е дизајнирање на протеини за целите на рак и идентификување на протеини важни за спојувањето на сперматозоид и јајцеклетка. John Jumper, водач на тимот AlphaFold, ја изразува својата возбуда за идните неочекувани употреби, признавајќи како можноста за неуспех така и за успех.