AlphaFold3, ontwikkeld door Google DeepMind, is vrijgegeven voor niet-commercieel gebruik, waardoor wetenschappers de softwarecode kunnen downloaden en gebruiken. Aangekondigd op 11 november, volgt de release op enige controverse toen DeepMind aanvankelijk de code achterhield. AlphaFold3 vertegenwoordigt een belangrijke upgrade omdat het eiwitten samen met andere moleculen kan modelleren, in tegenstelling tot zijn voorgangers. Aanvankelijk was de tool alleen toegankelijk via een webserver, wat de mogelijkheid van wetenschappers beperkte om het gedrag van eiwitten in aanwezigheid van potentiële medicijnen te voorspellen. Na kritiek op de reproduceerbaarheid heeft DeepMind nu een open-sourceversie vrijgegeven, hoewel alleen academici op aanvraag toegang kunnen krijgen tot trainingsgewichten. Verschillende andere bedrijven hebben open-sourcetools ontwikkeld die geïnspireerd zijn door de specificaties van AlphaFold3, waaronder Baidu, ByteDance en Chai Discovery, hoewel deze niet voor commercieel gebruik zijn gelicentieerd. Chai-1, het model van Chai Discovery, is echter toegankelijk via een webserver voor medicijnontdekking.

Ligo Biosciences uit San Francisco biedt een minder beperkte versie van de tool aan, maar mist volledige capaciteiten. Verschillende teams zijn bezig met het ontwikkelen van volledig open-sourceversies, zoals de verwachte OpenFold3, die medicijnbedrijven in staat zou stellen om het model met behulp van eigen gegevens opnieuw te trainen voor betere prestaties. De discussie over openheid in het veld gaat door, met enkele experts, zoals Mohammed AlQuraishi van Columbia University, die pleiten voor volledig open modellen. Anthony Gitter van de University of Wisconsin-Madison benadrukt de noodzaak van transparantie bij het delen van AI-modellen. Ondanks de uitdagingen wordt verwacht dat de open-source release van AlphaFold3 innovatie zal stimuleren, vergelijkbaar met wat gezien werd bij AlphaFold2, wat leidde tot significante vooruitgangen, zoals het ontwerpen van eiwitten voor kankerdoelen en het identificeren van eiwitten die cruciaal zijn voor de hechting van zaadcellen aan eicellen. John Jumper, de leider van het AlphaFold-team, spreekt zijn enthousiasme uit voor toekomstige onverwachte toepassingen en erkent zowel het potentieel voor falen als succes.