AlphaFold3, utviklet av Google DeepMind, har blitt utgitt for ikke-kommersiell bruk, slik at forskere kan laste ned og bruke programvarekoden. Utgivelsen, som ble kunngjort 11. november, følger en del kontroverser da DeepMind opprinnelig holdt tilbake koden. AlphaFold3 representerer en betydelig oppgradering da det kan modellere proteiner sammen med andre molekyler, i motsetning til sine forgjengere. Opprinnelig var verktøyet kun tilgjengelig gjennom en nettserver, noe som begrenset forskernes muligheter til å forutsi proteinatferd i nærvær av potensielle medisiner. Etter kritikk angående reproduksjonsevnen har DeepMind nå lansert en åpen kildekodeversjon, selv om bare akademikere kan få tilgang til treningsvektene på forespørsel. Flere andre selskaper har utviklet åpen kildekodeverktøy inspirert av AlphaFold3s spesifikasjoner, inkludert Baidu, ByteDance og Chai Discovery, selv om disse ikke er lisensiert for kommersiell bruk.

Chai-1, modell fra Chai Discovery, er imidlertid tilgjengelig via en nettserver for medikamentutvikling. San Franciscos Ligo Biosciences tilbyr en mindre begrenset versjon av verktøyet, men mangler full kapasitet. Det pågår arbeid i ulike team for å utvikle fullstendig åpne kildekodeversjoner, som den forventede OpenFold3, som vil tillate medikamentselskapene å trene modellen på nytt ved bruk av proprietære data for forbedret ytelse. Debatten om åpenhet innen feltet fortsetter, med noen eksperter, som Mohammed AlQuraishi fra Columbia University, som taler for helt åpne modeller. Anthony Gitter fra University of Wisconsin-Madison understreker behovet for åpenhet når man deler AI-modeller. Til tross for utfordringer forventes AlphaFold3s utgivelse som åpen kildekode å fremme innovasjon på samme måte som AlphaFold2, som førte til betydelige fremskritt, som å designe proteiner for kreftmål og identifisere proteiner som er avgjørende for sæd-egg-tilknytning. John Jumper, som leder AlphaFold-teamet, uttrykker spenning over fremtidige uventede bruksområder, og erkjenner både potensialet for svikt og suksess.