AlphaFold3, vyvinutý spoločnosťou Google DeepMind, bol uvoľnený na nekomerčné použitie, čo vedcom umožňuje sťahovať a využívať softvérový kód. Oznámené 11. novembra, toto vydanie nasleduje po kontroverzii, keď DeepMind spočiatku kód zadržala. AlphaFold3 predstavuje významne vylepšenú verziu, pretože dokáže modelovať proteíny spolu s inými molekulami, na rozdiel od svojich predchodcov. Spočiatku bol nástroj prístupný iba prostredníctvom webového servera, čo obmedzovalo schopnosť vedcov predpovedať správanie proteínov v prítomnosti potenciálnych liekov. Po kritike týkajúcej sa reprodukovateľnosti DeepMind teraz uvoľnila open-source verziu, aj keď akademici môžu získať prístup k tréningovým váham iba na požiadanie. Niekoľko ďalších spoločností vyvinulo open-source nástroje inšpirované špecifikáciami AlphaFold3, vrátane Baidu, ByteDance a Chai Discovery, aj keď tieto nie sú licencované na komerčné použitie.

Avšak Chai-1, model od Chai Discovery, je dostupný cez webový server na objavovanie liekov. Ligo Biosciences zo San Francisca ponúka menej obmedzenú verziu nástroja, ale chýbajú mu plné možnosti. Viaceré tímy sa snažia vyvinúť úplne open-source verzie, ako napríklad očakávaný OpenFold3, ktorý by umožnil farmaceutickým spoločnostiam pretrénovať model pomocou proprietárnych údajov pre lepší výkon. Debata o otvorenosti v tejto oblasti pokračuje, pričom niektorí experti, ako Mohammed AlQuraishi z Kolumbijskej univerzity, podporujú úplne otvorené modely. Anthony Gitter z Univerzity Wisconsinu-Madison zdôrazňuje potrebu transparentnosti pri zdieľaní AI modelov. Napriek výzvam sa očakáva, že open-source vydanie AlphaFold3 podporí inovácie podobné tým, ktoré priniesol AlphaFold2, čo viedlo k významným pokrokom, ako je navrhovanie proteínov pre rakovinové ciele a identifikácia proteínov dôležitých pre pripútanie spermií na vajíčko. John Jumper, vedúci tímu AlphaFold, vyjadruje nadšenie pre budúce neočakávané použitia, uznávajúc potenciál pre zlyhania aj úspechy.