AlphaFold3, розроблений Google DeepMind, був випущений для некомерційного використання, дозволяючи вченим завантажувати та використовувати програмний код. Анонсований 11 листопада, випуск відбувся після певних суперечок, коли DeepMind спочатку утримував код. AlphaFold3 представляє значне оновлення, оскільки може моделювати білки разом з іншими молекулами, на відміну від своїх попередників. Спочатку цей інструмент був доступний лише через веб-сервер, що обмежувало можливості вчених передбачати поведінку білків у присутності потенційних ліків. Після критики щодо відтвореності DeepMind випустила версію з відкритим кодом, хоча лише академіки можуть за запитом отримати доступ до навчальних ваг. Кілька інших компаній розробили інструменти з відкритим кодом, натхненні технічними специфікаціями AlphaFold3, включаючи Baidu, ByteDance і Chai Discovery, хоча їх не ліцензовано для комерційного використання. Проте модель Chai Discovery, Chai-1, доступна через веб-сервер для вивчення лікарських засобів.

Ligo Biosciences з Сан-Франциско пропонує менш обмежену версію інструмента, але йому бракує повних можливостей. Різні команди працюють над розробкою повністю відкритих версій, таких як очікуваний OpenFold3, який дозволив би фармацевтичним компаніям перенавчати модель за допомогою власних даних для підвищення продуктивності. Дебати щодо відкритості в цій галузі тривають, і деякі експерти, такі як Мохаммед АлКураїші з Колумбійського університету, виступають за повністю відкриті моделі. Ентоні Гіттер з Університету Вісконсина-Медісона підкреслює необхідність прозорості при обміні моделями штучного інтелекту. Незважаючи на виклики, випуск з відкритим кодом AlphaFold3, ймовірно, сприятиме інноваціям, схожим на ті, що відбулись з AlphaFold2, який привів до значних досягнень, як-от проектування білків для боротьби з раком і ідентифікація білків, важливих для з'єднання сперматозоїда та яйцеклітини. Джон Джампер, лідер команди AlphaFold, виражає захоплення майбутніми неочікуваними застосуваннями, визнаючи як потенціал для невдач, так і успіхів.