Á síðustu fimm árum hefur hlutabréf Super Micro rokið upp um yfir 3. 000%, og tekjurnar tvöfölduðust í $7. 12 milljarða, sem tryggði félaginu stað í Fortune 500. Fyrirtækið hefur þó átt í viðvarandi bókhaldsvandræðum, samið við SEC í ágúst 2020 vegna meints misræmis og verið síðast ásakað af stuttumsölufyrirtækinu Hindenburg Research fyrir áframhaldandi vafasöm vinnubrögð. Nú stendur Super Micro undir aukinni athugun þar sem endurskoðandi þess, Ernst & Young (EY), hætti við endurskoðun í gangi, sjaldgæft atvik í fjármálaheiminum sem oftast bendir til alvarlegra innri átaka. Eftir fregnirnar hrundu hlutabréf Super Micro um 33%. Innsýn frá sérfræðingum í stjórnarhætti bendir til mikillar ágreiningar á milli stjórnenda og endurskoðenda, sem vekur athygli fjárfesta. Super Micro tilkynnti að það vænti engin endurskoðun á fjárhagslegum skýrslum sínum þrátt fyrir áhyggjur EY. Endurskoðunarnefnd stofnaði sérstaka rannsókn eftir að EY hljóp í gang merki um fjárhagslega skýrslugerð félagsins síðast í júlí, sem er enn í gangi. Í opinberri tilkynningu gerði Super Micro lítið úr alvarleika málefna en hlaut gagnrýni eftir að EY lýsti vantrausti í stjórnendur og endurskoðunarnefndina, sem varpar ljósi á mögulegar alvarlegar afleiðingar fyrir félagið.

Hugsanleg SEC rannsókn gæti verið á næsta leiti, sem bætist við athugunina. Miðað við þessa umræðu fékk Super Micro aðvörun frá Nasdaq vegna þess að hafa ekki lagt fram árlegu fjárhagsskýrslu sína á réttum tíma. Að auki hefur félagið nýlega framkvæmt 10-í-1 hlutabréfaskiptingu til að bæta hlutdeildarlíkvidd. Í ágúst birti Hindenburg Research gagnrýnisgrein þar sem ýmsum fjárhagslegum óreglum var lýst, sem leiddi til þess að Super Micro varð að verjast ásökununum. Fyrirtækið hefur flókna tengsl fjölskyldna á stjórnunarstigi, með stofnanda forstjóra Charles Liang og konu hans þátttakendur, ásamt nánum ættingjum í lykilhlutverkum. Super Micro treystir mjög á fjöldskyldu og tengda aðila fyrir ýmsa þjónustu, sem vekur fleiri spurningar um gagnsæi og stjórnarhætti. Sem stendur hafa stjórnendur áætlanir um að fjalla um fjárfesta í áætlun sem er þingin á kjördegi, enn er þó mikil spenna um áframhaldandi bókhaldsvandamál og áhrif þeirra á starfsemi og orðspor félagsins.